一台物理机器上安装两个mysql程序？

kider

与调用顺序无关。
与配置文件中参数项有关，如：端口不能重复，PID文件、Sock文件、数据文件等都要配置不一样，且每个数据库有一个配置文件，然后用不同的配置文件启动即可。